Jeśli dostajemy błąd o nieprawidłowym ( unclean ) zamknięciu bazy MongoDB możemy naprawić ją bardzo łatwo.

• Poprzez komendy czyli

  mongod --repair

• Poprzez komendy shella czyli

  mongo 
  > use dbname
  > db.repairDatabase()

Oficjalny tutorial o tym http://docs.mongodb.org/manual/tutorial/recover-data-following-unexpected-shutdown/

Dodatkowo jeśli wykonywaliśmy pierwszą komendę jako root musimy wykonać

chown -R mongodb:mongodb /data/db
rm /data/db/mongod.lock
/etc/init.d/mongodb start

Inaczej baza MongoDB nie wystartuje.